心肌炎可能会对心脏造成严重损害。由于病毒或其他感染引起心肌炎，身体的免疫系统反应会造成显着损害，某些化学物质或自身免疫性疾病也会引起心肌炎。这最终会导致心力衰竭并最终导致死亡。这些病例很少见，因为大多数患有心肌炎的患者会康复并恢复健康的心脏活动。

其他并发症包括心律或心率问题、心脏病发作和中风。在极少数情况下，可能需要紧急心脏移植。

心肌炎也与猝死有关，高达9%的成人尸检显示心肌有炎症。对于显示心肌炎症的年轻人的尸检，这个数字跃升至12%。