对于疑似阑尾炎患者的阑尾切除术没有已知的禁忌症，除了患有长期症状和大痰症迹象的患者。如果阑尾周围脓肿或痰盂继发于阑尾穿孔或破裂，一些临床医生可能选择采用广谱抗生素和经皮引流的保守治疗方法，然后进行阑尾切除术（间隔阑尾切除术）。

腹腔镜阑尾切除术存在某些禁忌症，包括广泛粘连，放射或免疫抑制治疗，严重的门静脉高压症和凝血病。腹腔镜阑尾切除术在妊娠头三个月是禁忌的。

极少数情况下，可能会出现阑尾粘液囊肿（即阑尾腔内粘液的集合）。偶尔，患者可能会出现低度恶性的阑尾癌或盲肠癌。在这种情况下，外科医生必须避免在解剖期间穿孔，因为它可能导致腹膜与活细胞一起接种，导致腹膜假粘液瘤。