患有反流性食管炎的患者具有食道粘膜损伤和炎症的内窥镜和/或组织病理学变化。EGD反流性食管炎的典型表现如红斑，糜烂，溃疡，消化性狭窄和BE是GERD的诊断，特异性高达95％。然而，患者的反流症状至少50％具有正常食管内窥镜检查结果（非糜烂性返流病）或简单GERD。此外，消化不良是一种经常与GERD混淆的诊断。此外，GERD症状的严重程度与潜在的食管损伤程度无关，支持目前建议在没有警报特征的情况下对典型GERD症状的患者启动经验性抗分泌治疗。

有几种分类系统可用于评估糜烂性反流性食管炎和相关不良事件的内镜严重程度。这些分类系统已经在临床试验中，主要用于研究流性食管炎的药物治疗的功效。然而，这些系统在临床实践中用于记录疾病严重性。目前，最常用的系统是洛杉矶分类和Savary-Miller分类。洛杉矶分类已被证明是可靠的，在专家和缺乏经验的内窥镜医师之间进行测试时具有良好的内部和观察者一致性。使用该系统时，已证实食管炎的严重程度与24小时pH监测确定的食管酸暴露程度相关。

当内窥镜检查到食管炎时，应在下列情况下获得食管粘膜的组织样本：潜在的免疫功能低下状态，不规则或深度溃疡的存在，食管炎的近端分布，食管肿块或结节的存在，大疱性改变提示食管性寻常型天疱疮，嗜酸性食管炎（环状，线状沟，白斑，脆性粘膜）的明显变化，食管干燥性浅表的变化，或不规则或恶性出现的食管狭窄。在这些情况下，镊子组织样本和/或刷细胞学标本是排除其他诊断所必需的，包括传染性病因和恶性肿瘤。然而，不建议对胃灼热患者的食管或胃食管连接处进行常规取样，并建议进行内镜检查。

从历史上看，GERD和食管炎患者的随访EGD保留给症状对药物治疗无效的患者，患有严重食管炎或食管溃疡的患者，或需要额外活组织检查以明确BE或BE相关性发育不良，因为存在糜烂性食管炎可能会损害BE和发育异常的准确组织病理学检测。的多个试验已经证明8周质子泵抑制剂（PPI）的治疗是足够的，以实现在由于GERD患者大多糜烂性食管炎粘膜愈合。一旦糜烂性食管炎的愈合，可以BE在这些患者中多达12％来识别。