染色物质通常便宜且容易获得，尽管没有专门用于染色内镜检查。喷射导管允许最有控制和精确地将染料作为细雾施加到胃肠表面上。它们是一次性的柔性塑料护套，带有鲁尔锁和金属喷嘴尖端。良好的肠道准备是结肠内的染色内镜检查的条件，并且高达13％的患者可能不满足此要求。一些染色技术还需要用N-乙酰半胱氨酸作为溶瘤细胞进行预处理，以清除粘膜表面的多余粘液。建议使用正丁基东莨菪碱以避免肠蠕动和染料分布不均匀。

所需染色溶液的量取决于待染色的表面积（例如泛结肠染色;或单个病变的进一步表征），但应采用必需的最小量以避免染料汇集。对于泛结肠染色，内窥镜缓慢撤回，而具有1-2cm突出喷射导管的内窥镜尖端以螺旋运动指向粘膜，同时，染料不断喷射。逐步地，将~20cm的区段染色，然后仔细检查。

染色内镜检查所需的额外时间，包括组织表面的制备，染料喷涂，过量染料的洗涤，检查和解释，在2到20分钟之间变化。这取决于染色目标; 靶向病变可能需要进一步的局部表征（例如结肠息肉），而不是需要染色以检测发育不良区域的整个器官（例如IBD中的结肠）。