某些不适合其他治疗方式的上尿路结石（例如，冲击波碎石术，逆行输尿管镜治疗）经常通过这种经皮内窥镜方法治疗。通常，经皮处理受感染的石头负担，因为这不仅促进了碎石，而且还促进了被感染材料的迅速排空。通常，需要对具有结石的感染系统进行初始经皮引流，从而在确定的治疗干预之前允许冷却期。大石头（直径> 2.5厘米），包括鹿角形结石，应通过经皮内镜手术治疗。开放手术仅针对少数鹿角形结石进行，这些结石需要过多的经皮进入区域以清除整个结石负荷。

经皮肾镜取石术（PCNL）的另一个适应症是位于caliceal憩室的症状性结石（扩张的腔通过狭窄的漏斗连接到收集系统）。在这种情况下，经皮治疗导致88-100％的无结石率和无症状率。以这种方式最好地处理大石头负荷或长颈憩室内的负荷。

传统上，PCNL是在俯卧位进行的，并且是一种成熟率高且发病率低的既定技术。然而，俯卧位可能具有挑战性，并且与患有心肺疾病的病态肥胖患者的高风险相关; 因此，已建立仰卧位以帮助克服这些缺点。仰卧位的理论优势包括为患者提供更安全和更容易的定位，减少心血管变化和风险，无需患者重新定位，以及可能缩短手术时间。

仰卧位的理论缺点包括前/外穿刺部位，可能增加内脏器官损伤的风险（例如结肠，肝脏，脾脏）; 收集系统崩溃; 接近上极花萼很困难。 

Liu等人对仰卧位和俯卧位患者进行了经皮肾镜取石术的系统评价和荟萃分析，发现仰卧位的PCNL与常规俯卧位一样安全有效; 然而，没有压倒性的证据表明一个位置比另一个位置好。

虽然仰卧PCNL已成为消除大量石头负担的一种选择，但还需要进行额外的前瞻性随机对照研究来评估该方法的安全性和长期疗效。外科医生的偏好和经验最终应指导PCNL期间患者定位的选择。