内窥镜鼻窦手术最常用于炎症性和感染性鼻窦疾病。内窥镜鼻窦手术最常见的适应症如下：

慢性鼻窦炎难以治疗

复发性鼻窦炎

鼻息肉

Antrochoanal息肉

鼻窦黏液囊肿

切除选定的肿瘤

脑脊液（CSF）漏气闭合

眼眶减压术（如格雷夫斯眼病）

视神经减压

泪囊鼻腔造口术（DCR）

Choanal闭锁修复

异物去除

鼻出血控制

通常情况下，根据彻底的病史和完整的体格检查（包括适当的CT扫描）以及适当的医疗治疗失败，内镜鼻窦手术专门用于有鼻窦炎记录的患者。

单独的药物治疗可能不足以治疗鼻息肉。Aukema等人发现，虽然使用丙酸氟替卡松滴鼻液治疗12周后，鼻息肉病和慢性鼻窦炎患者需要进行鼻窦手术，但仍有27名患者中有14名需要手术治疗。 同样，antrochoanal息肉需要手术切除。