尽管许多患者不需要结肠镜检查来诊断炎症性肠病（IBD），但该程序对于溃疡性结肠炎或克罗恩病患者的后续护理和管理是一个重要的帮助（见下图）。在确定炎症过程的解剖学范围时，结肠镜检查比钡灌肠更敏感，并且在临床，乙状结肠镜和放射学研究不充分时是有用的。具有多个活组织检查的结肠镜检查用于区分溃疡性结肠炎和克罗恩病。

患有炎性疾病的患者的癌症监测时间表各不相同。患有全结肠炎超过7 - 10年的患者和患有左侧溃疡性结肠炎超过15年的患者患结肠癌的风险增加。目前针对这些组筛查结肠镜检查的建议是每1 - 2年。对于患有结肠克罗恩病的患者，需要采用相同的结肠镜检查计划。

理想情况下，因为区分炎症变化与癌症前变异可能是困难的，因此在活动性结肠炎期间不应进行用于监视目的的结肠镜检查，并且应首选来自炎症较少的区域的活组织检查。有人建议，在IBD患者的发育不良调查中，需要多达64个活组织检查才能达到95％的敏感性。

较新的技术，包括染色内镜检查，放大内窥镜检查和窄带成像，可以改善结肠镜检查期间发育不良的检测，并允许内镜医师采取较少但较高产量的活组织检查。